Wadah-wadah seperti Aviatorium (tempat untuk mengamati burung), Aquarium & Green House sangat dibutuhkan untuk bisa menambah wawasan siswa akan alam raya ini. Walaupun tidak banyak koleksi yang dimiliki, namun SMAK Kolese Santo Yusup bertekad untuk tetap mempertahankan wahana tersebut, semata-mata demi pendidikan siswa yang lebih baik juga mendukung sepenuhnya Gerakan Green Peace untuk mencegah & mengurangi pengaruh Global Warming.
Aviatorium
Aquarium

Green House