Segi lima melambangkan ke-lima sila yang ada dalam Pancasila.
Warna biru pada segi lima melambangkan warna jagad raya dan mencerminkan kejernihan dan kedalaman pikiran serta ketentraman jiiwa.
Lingkaran dalam segi lima melambangkan sebuah sistem yang terpadu untuk menatap ke masa depan.
Salib melambangkan agama Kristen Katolik karena sekolah ini adalah sekolah Katolik yang diselenggarakan Yayasan Kolese Santo Yusup milik CDD (Congregatio Discipulorum Domini = Serikat Murid-murid Tuhan) yang menanamkan nilai-nilai katolisitas.
Warna kuning pada salib melambangkan ketuhanan yang memancarkan sinar Ilahi.
Peta Indonesia menunjukkan bahwa siswa sekolah ini berasal dari berbagai pulau yang ada di Indonesia.
Warna hijau pada peta melambangkan perpaduan sinar ilahi (kuning) dengan jagad raya (biru) sekaligus melambangkan SMAK Kolese Santo Yusup sebagai pecinta lingkungan.
Pita bertuliskan Tetap Bersemangat sebagai bagian dari motto sekolah dimaksudkan agar dalam keadaan apapun harus tetap memiliki daya juang dan semangat tinggi yang dijiwai oleh ikatan perrsaudaraan sejati.
Kolese menunjukkan bentuk kepedulian terhadap pendidikan siswa melalui wadah asrama.
