Mgr. AEJ Albers O.Carm, alm (Uskup Malang) pada tanggal 16 Januari 1951 menugaskan Pastor Joseph Wang CDD yang baru tiba dari Medan untuk mendirikan sekolah Katolik di Malang bagi anak-anak Cina yang pada waktu itu banyak sekali yang belajar di sekolah-sekolah Cina.
Pada tanggal 21 Februari 1951, di Keuskupan Malang dibelilah gedung rusak bekas “Neutrale School” yang terletak di jalan Dr. Soetomo 35 Malang, dengan luas tanah sekitar 5000 m2. Di atas tanah itulah Sekolah Menengah Katolik akan didirikan dengan nama SM-RK Hua-Ind.
Tgl 16 April 1951 perbaikan gedung rusak itu dimulai.
Tgl 15 Juli 1951 merupakan hari yang bersejarah bagi sekolah-sekolah kita, karena pada hari itu Sekolah Menengah dibuka secara darurat dengan upacara yang sangat sederhana.
Tgl 17 Juli 1951 pelajaran dimulai dengan 4 kelas dan 1 ruang kantor
Tgl 5 Februari 1952 nama Santo Yusup dipilih sebagai pelindung sekolah yang peringatannya jatuh pada tgl 19 Maret.
Tgl 19 Maret 1952 merupakan hari pembukaan resmi sekolah yang ditetapkan oleh Mgr. AEJ Albers O.Carm, dengan dihadiri oleh pejabat pemerintah, para imam, biarawan/ti, dll
Tgl 20 Desember 1953 Mgr. AEJ Albers O.Carm, memerintahkan kepada Pastor Joseph Wang CDD untuk membuka 1 kelas SMA.
Tgl 4 Januari 1954 satu kelas SMA bagian B dibuka dengan jumlah murid 27 orang.
Tahun 1972 dirasa perlu memindahkan TK-SD-SMP ke tempat lain, sehingga Jl. Dr. Soetomo 35 Malang hanya dipakai untuk SMA, tetapi yang terjadi adalah berbeda – karena justru SMA yang harus pindah sebab lahan yang diperoleh ternyata terletak di Blimbing. Sehingga akan sulit bagi orang tua dan siswa TK-SD-SMP yang pindah ke Blimbing, lagipula lahan tersebut lebih sesuai untuk perkembangan SMA selanjutnya.
Tgl 1 September 1974 gedung SMA di Blimbing dengan kapasitas 9 kelas mulai ditempati di atas tanah seluas 2 ha bekas sawah dan tanpa tetangga.
Tgl 1 Januari 1975 merupakan pembukaan tahun ajaran baru dengan menggunakan 9 kelas.
Tgl 19 Maret 1975 pembukaan resmi kompleks Blimbing oleh Walikota Malang – Bpk Sugiyono dan pemberkatan gedung oleh Mgr. F.X. Hadisumarta O.Carm.
Tgl 1 Januari 1976 asrama putra SMA mulai menempati gedungnya sendiri di Blimbing
Dari tahun ke tahun jumlah murid semakin bertambah sehingga perlu adanya penambahan fasilitas kelas dan penambahan fasilitas pelengkap lainnya. Hingga saat ini, SMAK Kolese Santo Yusup mempunyai 30 kelas & fasilitas belajar mengajar lengkap seperti : komputer & LCD di tiap kelas, Gedung Serbaguna (tempat konferensi & lapangan olahraga), dll.
Kualitas pendidikan di SMAK Kolese Santo Yusup diperkuat dengan adanya penetapan status TERAKREDITASI 'A' sejak tahun 2007.
Hingga saat ini SMAK Kolese Santo Yusup telah mengalami 4 masa kepemimpinan yaitu :
- th 1954 – 1974 : Pastor Joseph Wang CDD
- th 1974 – 1984 : Bapak G. Soewandi
- th 1984 – 2004 : Pater Hilarius Sutiono CDD (alumnus Kosayu 1969)
- th 2004 – sekarang : Bapak Peter B. Sihombing
